El municipio de Ciudad Bolívar – Antioquia se fundó entre 1839 y 1853 aproximadamente. Sus primeros pobladores fueron colonos y arrieros que posiblemente buscaban camino hacia el Chocó y se fueron asentando en estas tierras. Primero lo hicieron en lo que hoy es el corregimiento de San Bernardo de los Farallones con el nombre de “QUEBRADONA” y luego en el sitio actual con el nombre de Bolívar. Las familias Diosa, Uribe, Vélez, González y Restrepo fueron las primeras asentadas en el municipio. En 1869 es escogido como distrito municipio.
El origen del Hospital data desde 1884 cuando la epidemia de la viruela azotaba la región y muchas de sus victimas carecían de atenciones y cuidados especiales; fue entonces cuando la prestante dama Rita Vélez de González y el señor Rafael Vélez, decidieron recoger los enfermos para brindarles medicinas y cuidados; fue así como acondicionaron un tejar prestado en los predios de lo hoy es, el parque infantil Villa Sinfonía. Así nació la idea de un Hospital, la cual fue comunicada al presbítero Luciano Holguín, acogiéndola mediante la fundación Asociación del Sagrado Corazón de Jesús.
En 1956 el hospital contaba con 100 camas. La mayor parte de los enfermos eran crónicos, y se presentaban epidemias de gastroenteritis, tifo, paludismo, carate, sarampión y tos ferina. En 1961 tenia 4 salas para pacientes: maternidad, sala de niños, sala de hombres y pensionado, además urgencias y farmacia. Los aportes procedían del sector privado y oficial con auxilios del orden nacional, departamental y municipal.
El doctor Diego Calle Restrepo siendo Ministro de Hacienda, recibió una comunicación de la junta directiva del Hospital solicitando recursos para ampliarlo. La respuesta fue un aporte de $500.000 y la exigencia de la consecución del terreno por parte del municipio, comprándose en 1971 al Señor Rafael Vélez con un costo de $212.000. En 1974 se inauguró el centro asistencial, pasando a depender del Servicio Seccional de Salud de Antioquia (S.S.S.A.), aumentándose a tres (3) el número de médicos del Hospital.
En 1979 por la resolución No. 6406 el Hospital La Merced fue designado como sede regional del suroeste, brindando atención a la población de los municipios de Andes, Betania, Betulia, Urrao, Caicedo, Concordia, Salgar, Jardín, Hispania y Altamira con una planta de 107 funcionarios: 64 del Hospital y 43 del SSSA. En este periodo el Hospital ha sido núcleo de progreso, no solo para la localidad sino también para la región, permitiendo la vinculación de mayor recurso humano y técnico, el mejoramiento de la infraestructura y dotación de los diferentes Hospitales y Centros de Bienestar del Anciano de la región.
En 1984 contaba con los 4 servicios básicos y para la atención de la madre y el niño contaba con pediatría, obstetricia y consulta externa con los programas: materno-infantil, control prenatal, planificación familiar, crecimiento y desarrollo, hidratación oral y vacunación. Además contaba con otros servicios como cirugía, medicina interna, urgencias, laboratorio, RX, odontología, farmacia, saneamiento ambiental.
En diciembre de 1994 deja de ser una institución privada y pasa a ser oficial convirtiéndose en Empresa Social del Estado “ESE” en 1995, año en el cual se inicia la ampliación del servicio de urgencias, laboratorio y banco de sangre.
Se prestan servicios de: medicina general, medicina especializada: ginecología, obstetricia, medicina interna, cirugía general, ortopedia, anestesia, pediatría, odontología, optometría, nutrición, psicología, permanentemente y con brigadas mensuales de algunas especialidades no existentes en la institución; equipo de promoción y prevención, conformado por médico general, auxiliar en salud, higienista oral, promotor de salud indígena, apoyado por optometría, vacunación y psicología; farmacia con alta gama de medicamentos del POS e insumos intra-hospitalarios.

Acuerdo 019 de 1995 “Pro medio del cual se dispone la restructuración del Hospital “La Merced” de Ciudad Bolívar

Acuerdo número 010 de 2011 “Por medio del cual se modifica el Acuerdo 019 de marzo 10 de 1995”